真菌性肠炎大多数可以通过一般治疗、生活干预、药物治疗等方法，可以加快身体恢复。
1、一般治疗：患者通常需要保持清淡合理饮食，避免吃辣椒和芥末等刺激性食物，有利于控制病情发展和防止肠炎病情程度加重。
2、生活干预：真菌性肠炎患者可以通过慢走或是跑步等多种方式锻炼身体，有利于增加身体体质，从而可以防止病情程度加重。
3、药物治疗：一般可以遵医嘱使用曲康唑胶囊，氟康唑胶囊等药物治疗，可以起到抗真菌作用，有利于肠炎逐渐好转和恢复。
除以上治疗方法以外，要定期到医院复查身体恢复状况。